Spoilers de "Ciudad de Hueso"
Spoilers del libro 1Clary Fray es una adolescente de Brooklyn que una noche en un club ve a tres jóvenes matar a una criatura que, según ella puede ver, los demás no perciben. Esos tres jóvenes son Cazadores de Sombras, semihumanos con sangre angelical que combaten a los demonios en el mundo oculto. Jace Wayland, el más habilidoso, se convierte en su guía.
Clary descubre que siempre tuvo la vista para ver el mundo sobrenatural pero que sus recuerdos de ello fueron borrados por un iratze (una runa). Cuando su madre Jocelyn es raptada y deja a Clary un mensaje en clave, Clary entra en el mundo de los Cazadores de Sombras por completo.
El antagonista es Valentine Morgenstern, un carismático extremista que hace décadas lideró un movimiento purista llamado el Círculo de Morgenstern para exterminar a los no-humanos. Se creyó muerto. Ahora ha regresado buscando los Instrumentos Mortales: la Copa, la Espada y el Espejo, creados por el ángel Raziel, que juntos pueden invocar al ángel de nuevo.
Clary descubre que tiene la habilidad única de crear nuevas runas. Jace y ella sienten una atracción intensa que se complica cuando Valentine revela que son hermano y hermana. Jace es el hijo que Valentine crió. Clary es la hija de Jocelyn, que huyó de Valentine embarazada.
Valentine obtiene la Copa Mortal. El libro cierra con Jocelyn todavía en coma, Valentine con la Copa, y Clary y Jace devastados por la revelación de su supuesto parentesco.