“Todas las historias son ciertas.”
Clary Fray es una adolescente neoyorquina cuya vida cambia por completo la noche que presencia un asesinato en la discoteca Pandemonium cometido por tres jóvenes cubiertos de extraños tatuajes. Pronto descubre que el mundo está lleno de demonios, vampiros, hombres lobo y hadas, y que ella pertenece a una estirpe de guerreros mitad ángeles llamados Cazadores de Sombras. Tras la desaparición de su madre, Clary debe unirse a Jace, Alec e Isabelle para recuperar la Copa Mortal y detener a Valentine, un renegado que busca limpiar el mundo de los "Subterráneos" mediante una guerra genocida.
Clary Fray solo quiere que su vida vuelva a la normalidad, pero eso es imposible cuando puedes ver a los habitantes del Mundo de las Sombras. Tras el secuestro de su madre por parte de los hombres de Valentine, Clary recurre a los Cazadores de Sombras, guerreros invisibles para los humanos (mundanos). Jace Wayland, el mejor de ellos, la guía a través de un submundo lleno de peligros en busca de la Copa Mortal, uno de los tres Instrumentos Mortales. Clary deberá descubrir por qué su madre ocultó su pasado y cómo despertar sus propios poderes antes de que Valentine logre su objetivo.
Clary desearía que nada hubiera cambiado, pero ahora debe lidiar con su identidad como cazadora de sombras y el hecho de que el chico que ama es, supuestamente, su hermano. Mientras tanto, Valentine continúa su plan y roba la Espada Mortal, el segundo de los Instrumentos Mortales, para convocar a un ejército de demonios. La Inquisidora de la Clave llega al Instituto y sospecha que Jace es un espía de su padre, encarcelándolo. Clary y sus amigos deberán detener a Valentine antes de que realice un ritual sangriento que requiere la vida de varios jóvenes subterráneos.
Para salvar la vida de su madre, Clary debe viajar a la Ciudad de Cristal, el hogar ancestral de los Cazadores de Sombras en Idris. Sin embargo, entrar en la ciudad sin permiso es ilegal y Jace no quiere que ella corra el riesgo. Clary usa su poder para abrir su propio portal, terminando en Idris por su cuenta. Allí se gesta la batalla final: Valentine ha reunido un ejército de demonios para destruir la ciudad y a todos los que no se unan a él. Cazadores de sombras y Subterráneos deberán dejar de lado siglos de odio y luchar juntos si quieren evitar la extinción.
La Guerra de la Alianza ha terminado y Clary Fray está de vuelta en Nueva York, entrenando para convertirse en una verdadera Cazadora de Sombras. Todo parece ir bien: su madre va a casarse y ella finalmente puede estar con Jace. Sin embargo, alguien está asesinando a los cazadores de sombras que pertenecieron al Círculo de Valentine, provocando tensiones entre los Subterráneos y la Clave. Jace comienza a distanciarse de Clary sin explicación, y ella descubre que una presencia oscura está vinculada a él. Mientras tanto, Simon lidia con su nueva vida como vampiro diurno y el hecho de que dos chicas poderosas están interesadas en él.
Jace y Sebastian están desaparecidos, vinculados por un hechizo que hace que si uno sufre daño, el otro también. La Clave ha decidido dejar de buscarlos, considerándolos una causa perdida, pero Clary no se rendirá. Se infiltra en el círculo de Sebastian para estar cerca de Jace, esperando encontrar una forma de romper el vínculo sin matar al hombre que ama. Mientras recorren Europa planeando el nacimiento de un nuevo ejército de cazadores de sombras oscuros, Clary debe jugar un doble juego peligroso, fingiendo lealtad a su hermano mientras busca el arma capaz de separarlos.
Sebastian Morgenstern ha lanzado su ataque definitivo. Con su ejército de Oscurecidos, está masacrando Institutos por todo el mundo, convirtiendo a amigos en enemigos y obligando a los cazadores de sombras a refugiarse en Idris. Clary, Jace, Simon y sus amigos deben viajar a la dimensión demoníaca de Edom, el reino de Sebastian, para rescatar a los líderes de la Clave y poner fin a la pesadilla de una vez por todas. Es la batalla final donde los sacrificios serán inmensos y el mundo de las sombras cambiará para siempre. Nadie está a salvo y no todos regresarán.