“Correr o morir.”
Thomas despierta en un ascensor en movimiento sin más recuerdo que su propio nombre. Cuando las puertas se abren, se encuentra en el Claro, un espacio abierto rodeado por muros colosales de piedra que forman un laberinto en constante cambio. Junto a él, un grupo de chicos (los Habitantes) han intentado encontrar una salida durante años, estableciendo una sociedad con reglas estrictas mientras evitan a los Laceradores, criaturas letales que acechan en el laberinto. Con la llegada de la primera chica y un mensaje inquietante, Thomas comprende que su destino está ligado a los secretos de CRUEL, la organización que los observa desde las sombras.
Thomas llega al Claro sin memoria. Allí descubre que cada treinta días llega un nuevo chico y provisiones. El Claro está rodeado por un laberinto cuyas puertas se cierran cada noche para proteger a los habitantes de los Laceradores. Poco después de su llegada, aparece Teresa, la primera chica en la historia del Claro, con una nota que dice que ella es la última y que "todo va a cambiar". Thomas siente una extraña conexión con ella y una urgencia por convertirse en Corredor para descifrar el patrón del laberinto antes de que el tiempo se agote para todos.
El laberinto era solo el principio. Los Habitantes creían que el rescate significaba el fin de sus problemas, pero pronto descubren que han pasado a la Fase Dos. CRUEL les informa de que han sido infectados con el Destello y que la única cura se encuentra al final de una travesía de dos semanas a través de "La Quemadura", un desierto abrasador poblado por Cranks (humanos enloquecidos por el virus). Sin reglas y sin ayuda, Thomas y sus amigos deberán cruzar un paisaje apocalíptico donde el sol calcina la piel y las traiciones son la única forma de sobrevivir.
CRUEL lo ha quitado todo: los recuerdos, los amigos y ahora la última esperanza. Tras superar la Quemadura, Thomas está encerrado en las instalaciones de la organización. Janson le informa de que las pruebas han terminado y que los recuerdos de los Habitantes van a ser restaurados para completar el mapa de la cura. Pero Thomas ya no confía en nadie. Junto a Newt y Minho, decide escapar y unirse al Brazo Derecho, una organización rebelde que busca destruir a CRUEL. La batalla final se traslada a la última ciudad segura del mundo: Denver.